1981年5月13日教皇约翰·保罗二世被企图暗杀他的刺客击中。当他乘坐一辆敞篷车出现在圣彼得广场一万名礼拜者之中时，一个在逃的土耳其罪犯将他击伤。曾两次腹部中弹的教皇正对教徒们进行每周一次的说教。

　　他被火速送往罗马的盖麦利医院，并接受了5个多小时的紧急手术。他的肠被部分切除。虽然他的病情被列为“特护”，但一位发言人确信“教皇不久就会痊愈”。警察逮捕了刺客，并查明他叫穆罕默德·阿里·阿哥卡，23岁。土耳其通讯社安那托利亚报道，阿克卡曾被指控在1979年杀害《微言》报的编辑阿卜迪·伊佩基并在当年越狱逃跑。他给这家报社写信声称他越狱是为了杀死计划访问安卡拉和伊斯坦布尔的教皇。警察在阿卡身上发现一张字条，上面写道：“我杀保罗是抗议苏联和美国的帝国主义政策，抗议在萨尔瓦多和阿富汗所进行的种族灭绝。”约翰·保罗二世是从1978年10月他的前任逝世成为教皇的。